Klasyfikacja genomowa i rokowanie w ostrej białaczce szpikowej ad

Struktura mutacji kierowców identyfikuje nienakładające się podgrupy pacjentów, umożliwiając w pełni genomową klasyfikację AML. Poza klasą badamy schematy współwystępowania genów genowych i badamy, w jaki sposób takie złożone genotypy są powiązane z wynikami klinicznymi. Metody
Uczestnicy badania, leczenie i nadzór
Uzyskaliśmy próbki od pacjentów uczestniczących w trzech prospektywnych, wieloośrodkowych badaniach klinicznych z niemiecko-austriackiej grupy badawczej AML: AML-HD98A, AML-HD98B i AMLSG-07-04 (patrz Dodatek dodatkowy, dostępny z pełnym tekstem tego artykułu na stronie ) .9-11 W AML-HD98A pacjenci w wieku od 18 do 65 lat otrzymywali chemioterapię indukcyjną składającą się z idarubicyny, cytarabiny i etopozydu (ICE); pacjentom wysokiego ryzyka zaoferowano allogeniczny przeszczep komórek macierzystych, u pacjentów z pośrednim ryzykiem przeszczep allogeniczny komórek macierzystych (jeśli dostępny był dopasowany dawcy pokrewny) lub intensywną chemioterapię, a chorzy z niskim ryzykiem intensywną chemioterapię. AMLSG-07-04 miał podobną konstrukcję, ale pacjenci w wieku od 18 do 61 lat zostali losowo przydzieleni do otrzymywania ICE lub ICE plus kwas all-trans-retinowy (ATRA) jako terapia indukcyjna. W AML-HD98B pacjenci w wieku od 58 do 84 lat zostali losowo przydzieleni do terapii indukcyjnej za pomocą ICE lub ICE plus ATRA, z dalszą terapią dyktowaną przez odpowiedź (patrz Fig. S1 i Średni okres obserwacji wynosił 5,9 lat (tabela S1 w dodatkowym dodatku). Wszyscy pacjenci wyrazili pisemną świadomą zgodę.
Dwóch ostatnich autorów kierowało analizą i interpretacją danych.
Badania genetyczne
Profilowanie genetyczne obejmowało analizy cytogenetyczne i sekwencjonowanie 111 genów (Tabela Dane sekwencyjne zostały zdeponowane w Europejskim Archiwum Genomu Phenome (www.ebi.ac.uk/ega) pod numerem dostępu EGAS00001000275. Oparliśmy naszą analizę na wariantach, które sklasyfikowaliśmy jako mutacje kierujące, przy użyciu powszechnie akceptowanych kryteriów genetycznych.12 Powtarzające się geny fuzyjne, aneuploidie i mutacje genów białaczki, w tym podstawienia zasad i małe (<200-bp) insercje lub delecje (indele), zostały wszystkie zawarte jako sterowniki.
Analiza statystyczna
Użyliśmy procesów Bayesian Dirichlet 13 do ustalenia reguł klasyfikacji, które dzieliły pacjentów na podgrupy, co minimalizowało nakładanie się kategorii. Proces Dirichleta definiuje nieskończoną wcześniejszą dystrybucję dla liczby i proporcji klastrów w modelu mieszanym, wyposażonym w wykorzystanie metody Monte Carlo z łańcucha Markowa.
Modelowaliśmy całkowity czas przeżycia przy użyciu metod proporcjonalnego hazardu Coxa, a zmienne badawcze traktowane są jako efekty losowe14 (patrz sekcja Metody w dodatkowym dodatku). Efekty losowe są modelowane jako niezależne, normalne zmienne o identycznej średniej i wariancji w ośmiu kategoriach zmiennych: mutacje punktowe (58 zmiennych), geny fuzyjne (8), zmiany liczby kopii (18), zmienne kliniczne (11), cechy demograficzne (2 ), leczenie (3), uciążliwość (4, zmienne uciążliwe to inne lub brakujące zmienne, takie jak próba, w której zapisano pacjenta, rok, w którym pacjent wszedł do badania klinicznego, i brak danych cytogenetycznych) i gen genu terminy interakcji, definiowane jako nieaddytywne efekty przeżycia między dwoma genami, gdy oba są zmutowane (126)
[hasła pokrewne: cetuksymab, dyżury aptek grójec, poradnia psychologiczna płock ]